Classification des virus

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La classification des virus ne peut être intégrée à celle réalisée pour les êtres vivants du fait que les virus ne sont pas considéré comme vivant, car ne pouvant se reproduire par leurs propres moyens. C'est ainsi qu'il a été nécessaire de mettre au point une classification particulière.

Il en existe deux qui font autorité :

Ces deux méthodes de classifications ne sont pas antagonistes et peuvent tout à fait s'intégrer l'une à l'autre, car la classification de l'ICTV reprend certains critères de la classification Baltimore.

Aucune des classifications n'est censée être phylogénétique, car les virus ne partagent pas d'origine commune.

Sommaire

[modifier] Généralités

Les formes variées des virus résultent du fait que l'un des deux brins d'ADN dans lesquels toutes les formes de vie cellulaire conservent leur information génétique est redondant, et que par conséquent les virus peuvent avoir des génomes à simple ou double brin. De plus, le génome de certains virus est formé d'ARN plutôt que d'ADN. L'ARN est présent dans les cellules comme intermédiaire lorsque les gènes sont traduits en protéines. Le génome des virus à ARN peut être codé dans deux directions différentes : soit les gènes sont stockés dans la direction 5'->3' (polarité positive ou +), comme celle dans laquelle les gènes sont codés dans l'ARN messager des cellules, soit ils sont stockés dans la direction opposée (polarité négative ou -).

La taxinomie des virus est similaire à celle des organismes cellulaires :

Ordre (-virales)
Famille (-viridae)
Sous-Famille (-virinae)
Genre (-virus)
Espèce

Cependant, le code de nomenclature géré par le Comité International sur la Taxinomie des Virus diffère des autres sur plusieurs aspects. Pour l'essentiel, les noms des ordres et des familles sont mis en italiques et les noms des espèces ne suivent pas la nomenclature binomiale mais sont souvent de la forme [Virus] de la [maladie]. La définition des ordres est très récente et a été délibérément lente ; à ce jour, seuls trois ont été nommés et la plupart des familles ne sont pas classées. Environ 80 familles et 4000 espèces de virus sont actuellement connues.

[modifier] Classification par type de génome

[modifier] Virus à ADN

[modifier] Groupe I - Virus à ADN à double brin

[modifier] Groupe II - Virus à ADN à simple brin

  • bactériophages non classés
    • Famille des Inoviridae
    • Famille des Microviridae
  • Virus non classés
    • Famille des Geminiviridae
    • Famille des Circoviridae
    • Famille des Nanoviridae
    • Famille des Parvoviridae - exemples virus de Norwalk ou Parvovirus B19 (qui dépend d'une co-infection à adénovirus pour la croissance)
    • Genres non classés
      • Anellovirus - exemple Torque teno virus

[modifier] Virus à ARN

[modifier] Groupe III - Virus à ARN à double brin

    • Famille des Birnaviridae
    • Famille des Chrysoviridae
    • Famille des Cystoviridae
    • Famille des Hypoviridae
    • Famille des Partitiviridae
    • Famille des Reoviridae - exemples Rotavirus ou Orthoreovirus
    • Famille des Totiviridae
  • Genres non classés
    • Endornavirus - exemple Vicia faba endornavirus

[modifier] Groupe IV - virus à ARN simple brin à polarité positive (Virus (+)ssARN ou de type ARN messager)

  • Ordre des Nidovirales (Virus "nidifiés")
  • Non attribué
    • Famille des Astroviridae
    • Famille des Barnaviridae
    • Famille des Bromoviridae
    • Famille des Caliciviridae - exemple virus de Norwalk
    • Famille des Closteroviridae
    • Famille des Comoviridae
    • Famille des Dicistroviridae
    • Famille des Flaviviridae - exemples virus de la fièvre jaune, virus du Nil occidental, virus de l'hépatite C, virus de la dengue
    • Famille des Flexiviridae
    • Famille des Hepeviridae - exemple virus de l'hépatite E
    • Famille des Leviviridae
    • Famille des Luteoviridae
    • Famille des Marnaviridae
    • Famille des Narnaviridae - virus à ARN nus
    • Famille des Nodaviridae
    • Famille des Picornaviridae - exemples virus de la Poliomyélite, Rhinovirus, virus de l'hépatite A, Coxsackie A virus et Coxsackie B virus
    • Famille des Potyviridae
    • Famille des Sequiviridae
    • Famille des Tetraviridae
    • Famille des Togaviridae - exemple Rubivirus (virus de la rubéole)
    • Famille des Tombusviridae
    • Famille des Tymoviridae
    • Genres non classés
      • Genre Benyvirus - exemple Beet necrotic yellow vein virus
      • Genre Cheravirus - exemple Cherry rasp leaf virus
      • Genre Furovirus - exemple Soil-borne wheat mosaic virus
      • Genre Hordeivirus - exemple Barley stripe mosaic virus
      • Genre Idaeovirus - exemple Raspberry bushy dwarf virus
      • Genre Machlomovirus - exemple Maize chlorotic mottle virus
      • Genre Ourmiavirus - exemple Ourmia melon virus
      • Genre Pecluvirus - exemple Peanut clump virus
      • Genre Pomovirus - exemple Potato mop-top virus
      • Genre Sadwavirus - exemple Satsuma dwarf virus
      • Genre Sobemovirus - exemple Southern bean mosaic virus
      • Genre Tobamovirus - exemple virus de la mosaïque du tabac
      • Genre Tobravirus - exemple Tobacco rattle virus
      • Genre Umbravirus - exemple Carrot mottle virus

[modifier] Groupe V - virus à ARN simple brin à polarité négative

[modifier] Virus à ADN ou à ARN à transcription inverse

[modifier] Groupe VI - rétrovirus à ARN simple brin

[modifier] Groupe VII - Pararétrovirus à ADN double brin

[modifier] Classification par type de capside

Voir Capside

[modifier] Voir aussi

[modifier] Liens externes

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